科目三的补考费可以通过以下两种方式支付：

1. 现场缴费：一般可以通过考试中心现场缴纳补考费用。需要注意的是，补考费用只收取现金，不能通过网上转账等方式支付。费用可能因地区差异而有所不同，建议向教练或考试中心咨询具体的费用金额。

2. 网上缴费：部分车管所已经实行网上缴费，可以在网上缴纳补考费用。请确保已经开通了网上支付功能，并熟悉支付流程。具体的支付方式和流程可能因地区而异，建议查阅当地车管所的官方网站或咨询相关部门以获取详细信息。

无论选择哪种方式支付补考费用，请务必在规定的时间内完成支付，以避免影响正常的考试安排。如果对支付过程有任何疑问，建议咨询教练或考试中心的工作人员以获得帮助。